Maskonury nie są istotami, które nie mają żadnych wrogów, chociaż same są do świata raczej pokojowo nastawione i nie wszczynają konfliktów z innymi stworzeniami, jeżeli nie liczyć oczywiście ryb, na które polują. Dorosłe maskonury bardzo często padają ofiarami sokołów oraz innych dużych ptaków drapieżnych, na przykład przez orły bieliki czy sowy białe. Oczywiście najbardziej podatne na ataki napastników są pisklęta maskonurów - schowane w norach nie mogą nawet ratować się ucieczką, a już w żaden sposób nie mogą się bronić. Polują na nie przede wszystkim ptaki drapieżne - sokoły, jastrzębie, orły bieliki, sowy - a także mewy. Maskonur w większości krajów znajduje się pod ochroną prawną, nie poluje się więc na niego. Niestety, nie można go ochronić przed skutkami zniszczeń środowiska, jakie spowodował człowiek. Niegdyś bywało inaczej - człowiek często polował na maskonury. Dotyczyło to przede wszystkim marynarzy, którzy nie mieli większego problemu ze schwytaniem maskonurów. Ten proceder był szczególnie duży w XVIII i XIX wieku, załogi statków marynarskich bardzo często zabijały maskonury - i to w liczbach bardzo dużych, znacznie większych, niż czynili to tubylcy. Zaburzali wówczas proporcję w populacji tych zwierząt. Na szczęście dziś takie czynności są zabronione.